Os teores de matéria orgânica e a atividade biológica são indicadores determinantes para avaliação da qualidade de um solo, onde diferentes técnicas de manejo do solo refletem diretamente na condição de sustentabilidade de um agroecossistema. Desse modo, o objetivo foi avaliar indicadores de qualidade física do solo de dois subsistemas agrícolas experimentais com diferentes usos e sistemas de manejo. Logo, testamos a hipótese de que os sistemas agroflorestais possuem solos com melhor qualidade do que sistemas de base convencional. Avaliou-se os teores de matéria orgânica e atividade biológica como indicador da qualidade do solo de três diferentes sistemas de plantio e da mata nativa em um agroecossistema familiar. Como resultados, observou-se para os dois indicadores, maiores níveis no sistema de produção de hortaliças e na mata nativa. Os demais subsistemas avaliados, apesar de apresentarem menores valores quanto aos níveis de matéria orgânica e atividade biológica, também possuem boa qualidade do solo, sendo uma fundamental condição do fortalecimento da agricultura familiar, segurança alimentar e nutricional.