Os Relatos de Experiências (RE) constituem-se ferramentas importantes para o estudo e reflexão das práticas pedagógicas pertinentes ao Estágio Supervisionado (ES). Nesse sentido, este estudo tem como objetivo discutir sobre a importância da autonomia do estagiário no ES no ensino de Biologia e suas implicações na formação docente, a partir das percepções de três licenciandas do curso de Licenciatura em Ciências Biológicas da Universidade Regional do Cariri (URCA), Crato –Ceará, cujos estágios foram realizados em três escolas públicas da rede estadual cearense, localizadas nos municípios de Assaré e Juazeiro do Norte. O método utilizado para compor este RE, foi o Fruit Trails, formado por três fases principais: a observação sistemática, a aquisição e registro de informações e a categorização de quatro eixos para análise e discussão: pano de fundo, foco central, diálogo entre tendências pedagógicas (adaptação) e interface crítico-reflexiva. Assim, os principais resultados desse trabalho incluem o ES no ensino de Biologia como pano de fundo e o foco central como a autonomia do estagiário no período de regência, cuja delimitação partiu da análise da interferência do professor supervisor. O diálogo entre tendências pedagógicas permitiu analisar que o tradicionalismo foi a tendência mais utilizada tanto pelos professores supervisores do ES, como pelas próprias estagiárias. Em síntese, concluiu-se que a autonomia durante a regência do ES tem papel importante na formação docente inicial, uma vez que permite o desenvolvimento de habilidades essenciais à docência.