O ensino de Anatomia Humana tem sido historicamente pautado em metodologias tradicionais centradas na memorização, o que pode comprometer a construção do raciocínio clínico e a retenção do conhecimento a longo prazo. Nesse contexto, as metodologias ativas emergem como estratégias promissoras para promover aprendizagem significativa. O presente estudo teve como objetivo comparar a percepção de aprendizado e o desempenho acadêmico de estudantes submetidos ao ensino tradicional e ao ensino baseado em metodologias ativas. Trata-se de um estudo de natureza aplicada, abordagem quali-quantitativa e delineamento comparativo, realizado com estudantes de cursos da área da saúde. Foram aplicados questionários estruturados e analisados resultados acadêmicos, sendo os dados submetidos ao teste do qui-quadrado de Pearson. Os resultados evidenciaram associação significativa entre metodologias ativas e maior percepção de aprendizado, além de melhor desempenho acadêmico. Conclui-se que a adoção de estratégias pedagógicas ativas favorece a aprendizagem significativa e o desenvolvimento de competências clínicas.