No âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS), os serviços da Atenção Primária à Saúde (APS) são como unidades responsáveis pelo cuidado integrale contínuo da população, e funcionam como articuladores das Redes de Atenção à Saúde (RAS). O financiamento destes serviços obedece, hoje, aos critérios do Programa Previne Brasil, que estabelece indicadores cujo cumprimento influencia nos repasses ministeriais aos municípios, entre os quais os relacionados ao acompanhamento de pacientes hipertensos e diabéticos. O estudo objetivou conhecer as limitações na identificação e acompanhamento de pacientes hipertensos e diabéticos na Atenção Primária à Saúde. Para tanto, foi empreendida pesquisa documental focada em relatórios gerados pelos sistemas E-gestor e PEC, cujos dados primários foram organizados em tabelas e analisados, de forma a produzir os resultados do estudo. Depreendeu-se que há discrepância no quantitativo de pacientes identificados nos dois relatórios, em razão das diferentes fontes consideradas pelo relatório do e-Gestor, o que dificulta o monitoramento, o seguimento e a busca ativa de pacientes crônicos na APS. O estudo concluiu que o aprimoramento dos sistemas de informação é essencial para que seus dados continuem a favorecer o processo de planejamento e cuidado em saúde.