A transição para padrões alimentares baseados em plantas (plant-based) induz remodelações estruturais e funcionais significativas no ecossistema microbiano intestinal, com repercussões diretas sobre o metabolismo do hospedeiro. Este capítulo revisa criticamente o impacto da dieta vegetariana na modulação da microbiota e no seu perfil metabolômico, enfatizando a produção de ácidos graxos de cadeia curta (AGCC) — acetato, propionato e butirato. Discute-se a relevância fisiopatológica do butirato na manutenção da hipóxia epitelial fisiológica e na sinalização via receptores acoplados à proteína G (GPR41, GPR43, GPR109A), essenciais para a integridade das proteínas de junção oclusiva (tight junctions). Adicionalmente, aborda-se a supressão da rota de síntese do N-óxido de trimetilamina (TMAO) e a consequente redução da endotoxemia metabólica por meio do bloqueio da ativação do receptor Toll-Like 4 (TLR-4) pelo lipopolissacarídeo (LPS). Por fim, integram-se diretrizes clínicas focadas na prescrição de carboidratos acessíveis à microbiota (MACs), na aplicação de técnicas de remolho para modulação de fitatos e no uso sinérgico de polifenóis. Conclui-se que a assinatura microbiana vegetariana atua como um modulador homeostático central, alinhando-se às recomendações de diretrizes internacionais para a prevenção de desordens metabólicas e inflamatórias crônicas.