As bactérias são microrganismos amplamente distribuídos no ambiente e desempenham funções essenciais para o equilíbrio ecológico; entretanto, algumas espécies apresentam potencial patogênico e podem representar riscos à saúde pública. Entre elas, destacam-se as espécies pertencentes ao Complexo Burkholderia cepacia (Bcc), bactérias Gram-negativas reconhecidas pela elevada resistência a antimicrobianos, capacidade de sobrevivência em ambientes com baixa disponibilidade de nutrientes e potencial para causar infecções oportunistas, principalmente em indivíduos imunocomprometidos e pacientes com fibrose cística. O presente estudo teve como objetivo detectar e identificar espécies do gênero Burkholderia em amostras ambientais provenientes de praias impróprias para banho do município de São Luís – Maranhão, cultivadas em meio seletivo para fungos, correlacionando os achados com aspectos de saúde pública e limitações metodológicas relacionadas à seletividade do meio de cultura utilizado. Trata-se de um estudo de abordagem quali-quantitativa, de natureza aplicada e caráter exploratório-descritivo, realizado por meio de pesquisa de campo associada a experimento laboratorial. As coletas foram realizadas nas praias da Ponta da Areia, São Marcos, Calhau e Olho d’Água, com obtenção de amostras de solo e água residual. Após processamento microbiológico, cultivo em meio Sabouraud Dextrose Agar suplementado com cloranfenicol e isolamento dos microrganismos, os isolados foram identificados por espectrometria de massas (MALDI-TOF MS). Foram identificadas 19 amostras pertencentes ao gênero Burkholderia, incluindo espécies do Complexo Burkholderia cepacia, como B. cepacia, B. cenocepacia, B. vietnamiensis, B. pyrrocinia e B. seminalis, além de Burkholderia gladioli. Os resultados evidenciaram a relevância microbiológica e sanitária dessas bactérias em ambientes costeiros contaminados e demonstraram que o meio Sabouraud suplementado com cloranfenicol não apresenta seletividade absoluta para fungos, permitindo o crescimento de bactérias ambientais resistentes ou tolerantes às condições do meio. Os achados reforçam a importância do monitoramento microbiológico ambiental e da avaliação crítica dos métodos de isolamento empregados em estudos microbiológicos, visando à proteção da saúde pública e da qualidade ambiental.