A obesidade é uma condição de etiologia multifatorial complexa resultante da interação de fatores ambientais e predisposição genética. Dentre os marcadores, destaca-se o gene Fat Mass and Obesity-Associated (FTO), especificamente o polimorfismo rs9939609, associado a maiores índices de massa corporal. Este estudo objetivou investigar a influência desse polimorfismo sobre os desfechos ponderais de pacientes submetidos à cirurgia bariátrica em hospital público de referência do Maranhão. Estudo de coorte longitudinal com 98 pacientes submetidos a cirurgias (Sleeve Gástrico, Bypass em Y de Roux ou One Anastomosis Bypass) acompanhados entre 2020 e 2024. Amostras de mucosa oral foram genotipadas por qPCR. Os resultados revelaram frequência de 40,8% para o alelo de risco 'A' e 51,0% para o heterozigoto AT. Não houve associação significativa dos genótipos (AA/AT vs. TT) com a perda de peso total (%PP) ou com o excesso de peso perdido (%EWL). Entretanto, o grupo portador do alelo de risco (AA/AT) apresentou maior reganho de peso percentual médio (9,9% ± 5,5%) do que o grupo selvagem TT (7,2% ± 8,3%; p < 0,001). O reganho ponderal também se associou significativamente ao maior tempo de pós-operatório (p < 0,001). Conclui-se que o polimorfismo rs9939609 do gene FTO modula os desfechos ponderais tardios (reganho de peso), sem afetar de forma significativa o sucesso da perda ponderal inicial ou a remissão de comorbidades metabólicas.