A emergência de vírus zoonóticos constitui um importante desafio à saúde pública, especialmente diante das alterações ambientais e da crescente interação entre populações humanas e reservatórios silvestres. Nesse contexto, o vírus Nipah (NiV) destaca-se pela elevada letalidade, potencial de transmissão zoonótica e ausência de terapias e vacinas amplamente disponíveis. O estudo objetivou analisar a importância das ferramentas moleculares, com destaque para a reação em cadeia da polimerase (PCR) e o sequenciamento de genoma completo (WGS), na detecção, caracterização e vigilância do NiV. Foi realizada uma revisão sistemática da literatura, de abordagem qualitativa e caráter exploratório-descritivo, conduzida conforme as recomendações do PRISMA. As buscas foram realizadas nas bases NCBI, GEMU, PubMed e Frontiers, considerando estudos publicados entre 2016 e 2026, em português ou inglês e com acesso gratuito ao texto completo Foram identificados inicialmente 1.383 registros, dos quais 14 estudos foram incluídos após as etapas de triagem e elegibilidade. Os achados evidenciaram que RT-PCR, qPCR e WGS contribuem para a detecção do vírus, caracterização genética e investigação de padrões de transmissão. Conclui-se que a vigilância molecular, integrada à abordagem de Saúde Única, constitui ferramenta relevante para a detecção precoce, monitoramento epidemiológico e fortalecimento da resposta às emergências associadas ao NiV.
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