As matrizes proteicas prontas para consumo ou semiprocessadas representam substratos ideais para a proliferação bacteriana acelerada. Este estudo objetivou avaliar e comparar o perfil microbiológico de fontes proteicas (carne, frango, peixe) comercializados em uma cidade do interior do estado de Pernambuco nos períodos anterior e posterior à pandemia de COVID-19. Trata-se de um estudo transversal quanti-qualitativo exploratório, fundamentado no levantamento de dados analíticos laboratoriais obtidos em aulas práticas entre 2019 e 2024. Foram isoladas e avaliadas amostras de frango, carne bovina, peixe, porco e siri quanto à contagem de coliformes totais, Escherichia coli e bactérias aeróbias mesófilas. Os resultados indicaram alta contaminação por microrganismos mesófilos e presença de contaminação fecal bacteriana severa no período pré-pandêmico (2019). No cenário pós-pandemia (2022–2024), observou-se um agravamento dos índices de contaminação, com amostras de carne bovina atingindo contagens de mesófilos de 1,7 x 106 UFC/g e frango processado com até 1,2 x 104 UFC/g. Conclui-se que pode ter ocorrido uma acentuada redução nos padrões sanitários hídricos e alimentares operacionais no pós-pandemia, justificada pelo abandono de condutas higiênicas preventivas e falhas graves no binômio tempo-temperatura.