O presente estudo analisou o perfil microbiológico e a segurança sanitária na cadeia de proteínas animais, focando na sobrevivência de patógenos em carnes e pescados cozidos ao longo dos períodos trans e pós-pandêmico. Trata-se de uma pesquisa aplicada e descritiva com abordagem mista (quali-quantitativa), utilizando dados de campo secundários coletados entre os anos de 2020 e 2024. Foram avaliadas amostras de alimentos termicamente processados, incluindo frango, carne bovina, peixe e siri, além das superfícies e utensílios de corte associados ao seu manejo. Os resultados estruturais e operacionais indicaram avanços na conformidade física de layouts, porém os ensaios microbiológicos revelaram falhas graves de contaminação cruzada pós-cocção. Verificou-se o descumprimento dos limites de segurança biológica estabelecidos pela American Public Health Association (APHA) para superfícies, bem como a presença inadequada de microrganismos em alimentos prontos para o consumo. Conclui-se que o controle rigoroso do binômio tempo-temperatura e a desinfecção sistemática dos apoios de corte pós-processamento são determinantes para assegurar a integridade biológica das proteínas na saúde coletiva.