Objetivo: Analisar a relação entre qualidade do sono e estados afetivos no rendimento acadêmico insatisfatório de universitários dos cursos de graduação do setor da saúde de uma universidade pública durante o distanciamento social. Métodos: Trata-se de uma pesquisa epidemiológica, de delineamento transversal, conduzida com 336 estudantes de graduação da área da saúde. A coleta de dados foi por meio da aplicação de um questionário online, e as variáveis analisadas foram qualidade do sono (questionário PSQI), estados afetivos (questionário DASS-21) e rendimento acadêmico. Resultados: Participaram da pesquisa 336 universitários, sendo a maioria do sexo feminino (80,7%), com média de idade de 21,02 e ±3,55, se autodeclararam raça branca (83,9%), sem companheiro (98,5%), não trabalhavam (73,2%), do curso de fisioterapia (29,5%) e estavam nos anos intermediários da graduação (62,5%). Ao associar o rendimento acadêmico insatisfatório com qualidade do sono e estados afetivos, observou-se relação estatisticamente significativa com distúrbio do sono ansiedade depressão e estresse. Conclusão: Conclui-se que a qualidade do sono e estados afetivos durante o distanciamento social podem ter influenciado no rendimento acadêmico insatisfatório dos universitários.