Analisar a percepção dos gestores municipais de saúde acerca do funcionamento das Comissões Intergestores Regionais de Goiás (CIR-GO). Trata-se de um estudo misto desenvolvido com 157 secretários municipais de saúde de Goiás. Aplicou-se questionários semiestruturados, online e impresso, de janeiro a agosto de 2019. Utilizou-se os métodos de análise estatística descritiva e de análise de conteúdo temática à luz do referencial da análise institucional. Quanto às características laborais dos participantes, a maioria (70,7%) era de cargos de comissão e 59,2% possuíam dois ou mais anos na secretaria de saúde. Quanto às características relacionadas à participação na CIR-GO, a maioria (77,1%) relatou que participa de 75-100% das reuniões. Quanto às características relacionadas à percepção das reuniões da CIR-GO, a maioria (93,6%) referiu que as reuniões contemplam as necessidades de saúde dos municípios e que recebem apoio técnico da Secretaria do Estado da Saúde. Evidenciou-se contradições quanto à percepção dos participantes acerca das fragilidades e potencialidades da CIR-GO, sendo retratadas nas categorias: fragilidades e potencialidades ocultas ou não-ditas; fragilidades e potencialidades do engajamento profissional; fragilidades e potencialidades das bases materiais e institucionais. As contradições ressaltam a necessidade de se fomentar a cooperação entre o Estado e os municípios, sobretudo na coordenação da conformação de redes e na identificação da oferta de serviços e necessidades de saúde.