Introdução: Instituições federais de ensino superior brasileiras enfrentam fragilidades de coordenação interdisciplinar que limitam a circulação de conhecimentos entre unidades acadêmicas e dificultam a articulação entre produção científica e inovação aplicada. Técnico-Administrativos em Educação (TAEs) atuam em rotinas administrativas, laboratórios, projetos e interfaces institucionais com potencial de mediação entre áreas. A proposta apresenta contribuição específica ao deslocar a análise da inovação acadêmica para o papel mediador dos TAEs, grupo frequentemente tratado pela literatura sob perspectivas administrativas, funcionais ou organizacionais, mas ainda pouco explorado como agente institucional de integração interdisciplinar e circulação do conhecimento. Objetivo: Elaborar uma matriz técnico-operacional de integração interdisciplinar para instituições federais de ensino superior brasileiras, posicionando os TAEs como agentes institucionais de mediação na circulação do conhecimento e na conexão entre produção acadêmica e inovação aplicada no âmbito da gestão universitária. Metodologia: A pesquisa adota abordagem qualitativa, exploratória e descritiva. O desenho metodológico inclui revisão bibliográfica sistematizada e análise documental, complementadas por entrevistas semiestruturadas com TAEs, docentes e gestores vinculados a práticas de inovação acadêmica. O tratamento dos dados empregará análise de conteúdo categorial, com organização do corpus, codificação das unidades de sentido e interpretação das barreiras, práticas e oportunidades associadas à atuação mediadora dos TAEs. Resultados: O estudo deverá mapear condições institucionais que restringem ou favorecem a mediação dos TAEs nos fluxos de conhecimento entre áreas, identificar práticas institucionais passíveis de adaptação e estruturar uma matriz técnico-operacional para orientar a integração interdisciplinar. Considerações finais: A proposta sustenta originalidade de combinação, delimitação empírica e contribuição aplicada ao oferecer uma lente pouco explorada sobre o TAE como agente institucional de mediação na inovação acadêmica em instituições federais de ensino superior.