Este trabalho apresenta uma proposta metodológica para o desenvolvimento do Protocolo de Bioindicadores Macroscópicos Digital (PBMD-App), aplicativo móvel voltado ao biomonitoramento participativo de alterações ecotoxicológicas compatíveis com a exposição a agrotóxicos no Rio São Francisco, especificamente na Bacia do Reservatório de Itaparica, Nordeste do Brasil. A região enfrenta contaminação crescente por glifosato e organofosforados, provenientes de cultivos intensivos de manga, uva e goiaba, que oneram as comunidades ribeirinhas dependentes de pesca artesanal e agricultura familiar. O monitoramento laboratorial convencional, realizado por cromatografia gasosa/espectrometria de massas (CG/EM) ou HPLC-UV, é economicamente inacessível para o perfil dessas propriedades rurais. A proposta integra quatro bioindicadores macroscópicos regionalmente validados — minhocas, anfíbios anuros, larvas de Odonata e aguapés — a uma arquitetura digital com interface iconográfica e suporte por voz em português nordestino, reconhecimento de imagem por inteligência artificial (TensorFlow Lite) e geração de relatórios georreferenciados. O protocolo de campo prevê execução em aproximadamente 18 minutos, com baixíssimo custo operacional, viabilizando sua adoção por agricultores com baixa escolaridade. A fundamentação do aplicativo ancora-se em design science research e em literatura ecotoxicológica regional. O PBMD-App, ainda em fase de desenvolvimento e validação, representa uma alternativa tecnológica promissora para democratizar a vigilância ambiental participativa e subsidiar políticas públicas de gestão hídrica no São Francisco.