O ensino das Ciências da Natureza visa contribuir para a formação integral dos estudantes e para o desenvolvimento da alfabetização científica, processo que deve ser estimulado desde os primeiros anos da escolarização. Entretanto, nos anos iniciais do Ensino Fundamental ainda a priorização das habilidades de leitura, escrita e matemática acaba reduzindo o espaço dedicado ao ensino de Ciências, especialmente ao conteúdo de Botânica. Diante disso, este estudo analisou o ensino de Botânica a partir da percepção de professores de Ciências da rede municipal de ensino. Para a coleta de dados, foram aplicados questionários, analisados por meio da análise de conteúdo. Os resultados indicam a predominância do uso do livro didático e de aulas expositivas e que a formação inicial exerce influência significativa nas práticas pedagógicas. Além disso e as práticas mais contextualizadas e diversificadas foram relatadas principalmente por professores que possuem segunda licenciatura em Ciências Naturais, além da Pedagogia, enquanto aulas mais teóricas foram associadas a docentes com formação exclusivamente em Pedagogia. Assim, o estudo aponta a necessidade de mudanças na formação em Pedagogia, visando melhor preparar professores para o ensino de Ciências e contribuir para uma visão mais positiva da Botânica entre os estudantes.