A sífilis congênita permanece como importante problema de saúde pública, especialmente em países em desenvolvimento, estando associada a elevadas taxas de morbimortalidade fetal e neonatal. A penicilina benzatina constitui o tratamento de escolha para prevenção da transmissão vertical da sífilis, sendo considerada estratégia fundamental no controle da doença. Entretanto, episódios de desabastecimento desse medicamento comprometeram significativamente as ações de prevenção e tratamento em diversos sistemas de saúde. O presente estudo teve como objetivo analisar os impactos da escassez de penicilina no controle da sífilis congênita, enfatizando os desafios epidemiológicos e as lições para o sistema de saúde. Trata-se de uma revisão integrativa da literatura associada à análise documental de boletins epidemiológicos e documentos oficiais do Ministério da Saúde e da Organização Mundial da Saúde. Os resultados evidenciaram aumento dos casos de sífilis congênita em períodos de desabastecimento, dificuldades na implementação do tratamento adequado durante o pré-natal e ampliação das vulnerabilidades assistenciais. Observou-se ainda que falhas na gestão logística, insuficiente rastreamento precoce e desigualdades no acesso aos serviços de saúde contribuíram para agravamento do cenário epidemiológico. Conclui-se que o fortalecimento da vigilância epidemiológica, da assistência pré-natal e da gestão da cadeia de suprimentos farmacêuticos é fundamental para controle efetivo da sífilis congênita e prevenção de novos episódios de desabastecimento.