A fruticultura brasileira destaca-se no agronegócio, com o Brasil ocupando a terceira posição mundial na produção de frutas. Entretanto, o elevado volume produtivo gera resíduos agroindustriais, como sementes, que possuem relevante valor nutricional e potencial bioativo. As sementes de melão (Citrullus lanatus) possuem alto teor de umidade favorece a deterioração, tornando a desidratação uma ferramenta promissora para conservação. Este estudo avaliou a influência da secagem convencional e por micro-ondas nas propriedades físico-químicas, compostos fenólicos totais e cor (CIELAB) das sementes de melão. Foram analisadas umidade, pH, acidez titulável, cinzas, fenólicos totais e parâmetros colorimétricos, com aplicação do teste t (p ? 0,05). Os resultados indicaram que a eficiência da desidratação variou conforme o método de desidratação utilizada. Para o melão, o micro-ondas foi mais eficiente na redução da umidade e proporcionou maior luminosidade. O micro-ondas reduziu o pH e influenciou os compostos fenólicos. Conclui-se que o método de desidratação impacta diretamente a qualidade físico-química e bioativa da semente de melão.