RESUMO: em meio à pandemia causada pela livre circulação do vírus SARS-CoV-2, a medida tomada pelo Ministério da Educação junto ao Ministério da Saúde foi o fechamento das escolas e suspensão das aulas presenciais. Por segurança e para minimizar prejuízos, o conteúdo didático começou a ser oferecido de forma remota. Por conta disso, surgiu a necessidade de questionar quais são as dificuldades que os alunos encontraram neste formato de aprendizagem. Objetivo: Este trabalho teve como objetivo identificar dificuldades do aprendizado de Ciências e Biologia no contexto do ensino remoto promovido pela pandemia do COVID-19. Metodologia: Os dados da pesquisa foram obtidos em escolas públicas da região da Baixada Santista, no litoral de São Paulo, por meio de questionário on-line, divulgado publicamente para ser acessado por jovens em idade escolar, contando com 30 participantes. Resultados: Observa-se que 95% preferem aulas presenciais; 68% relataram dificuldade de se comunicar com o professor por meio das plataformas digitais; 53% afirmaram que possuem ambiente favorável para realizar as atividades remotas; 53% acessavam pelo celular e 47% pelo computador; 11% dos alunos precisaram pegar emprestado algum dispositivo eletrônico para acessar as aulas; 32% precisaram buscar material impresso na escola; 43% não estão plenamente satisfeitos com o material; 53% afirmaram dedicar menos de uma hora semanal para os estudos de Ciências ou Biologia. Conclusões: As principais dificuldades com as aulas remotas foram falhas ou ausência da conexão de internet, ambiente desfavorável para a concentração nos estudos, dificuldade de entender os conceitos e a ausência de interação física durante as aulas.